Le disposizioni transitorie che hanno accompagnato il Regolamento dall'emanazione ad oggi, avevano lo scopo di permettere agli Stati membri di adattarsi alle nuove norme. Esse stabilivano che:
- gli equidi nati entro il 30 giugno 2009 e identificati entro questa data in conformità delle decisioni 93/623/CEE o 2000/68/CE sono considerati identificati in conformità del presente
regolamento. I documenti di identificazione per questi equidi sono registrati ai sensi dell'articolo 21, paragrafo 1, del presente regolamento entro il 31 dicembre 2009.
-gli equidi nati entro il 30 giugno 2009, ma non identificati entro tale data in conformità delle decisioni 93/623/CEE o 2000/68/CE, sono identificati in conformità del presente regolamento entro il 31 dicembre 2009.

Con l'applicazione del Regolamento 504 gli equidi nati nella Comunità sono identificati per mezzo di un documento di identificazione unico conforme al modello figurante nell' allegato I «documento di identificazione» o «passaporto", rilasciato per tutta la durata di vita dell'equide.
Il sistema di identificazione degli equidi si compone dei seguenti elementi: a) un documento di identificazione unico valido a vita; b) un metodo che permetta di stabilire un nesso univoco tra il documento di identificazione e l'equide; c) una base di dati nella quale sono registrati, sotto un numero di identificazione unico, gli elementi dell'identificazione dell'animale per il quale un documento di identificazione è stato rilasciato a una persona registrata in tale base di dati.

Il Sottosegretario Francesca Martini ha annunciato la predisposizione di un disegno di legge "che regoli la complessa materia della tutela del benessere e della salute degli equidi che dovrà essere il risultato di un confronto tra tutte le categorie e gli enti che, a diverso titolo, sono coinvolti nel mondo del cavallo". Fra i punti qualificanti del provvedimento figura proprio l'identificazione: "l'anagrafe equina è alla base di tutto"- ha spiegato il Sottosegretario- "un unico documento d'identità e un numero unico a vita che individui il Cavallo come previsto dal Regolamento Europeo 504".